De acuerdo con la constitución política de 1991, la estructura institucional del sector de agua y saneamiento básico se fundamenta en la separación de funciones entre el gobierno Nacional y las entidades territoriales.
Esquema institucional del sector de agua y saneamiento básico
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En materia de servicios públicos, al Ministerio de Ambiente Vivienda y Desarrollo Territorial le compete formular, dirigir y coordinar las políticas, los planes y programas en materia de agua potable y saneamiento básico, y junto con el Ministerio de la Protección Social, le compete la regulación de la calidad del agua. En el mismo nivel nacional, se encuentran el Departamento Nacional de Planeación –DPN- quien realiza el seguimiento y evaluación de la inversión sectorial, la Comisión de Regulación de Agua Potable y Saneamiento Básico –CRA- quien ejerce las funciones de regulación tarifaria, de mercados y de monopolios, y la Superintendencia de Servicios Públicos Domiciliarios –SSPD- a quien le compete la vigilancia, la inspección y el control de los prestadores de los servicios. Por su parte FINDETER, financia proyectos y apoya el acceso al crédito, mientras que el IDEAM genera información para el manejo de los recursos naturales y brinda apoyo al SINA.
A nivel regional se encuentran los departamentos quienes tienen a cargo la función de apoyar financiera, técnica y administrativamente a las empresas de servicios públicos, y las Corporaciones Autónomas Regionales –CARs- que se encargan de ejecutar las políticas, planes y programas sobre medio ambiente y recursos naturales renovables, dar cumplimiento a las disposiciones legales vigentes sobre la administración manejo y aprovechamiento de los referidos recursos, incluido el recurso hídrico.
Por su parte, a nivel local se encuentran municipios, encargados de asegurar la prestación eficiente de los servicios públicos domiciliarios por medio de empresas de servicios públicos y de las demás personas prestadoras de acuerdo con lo dispuesto en le ley 142de 1994.